本系以培育具跨域創新及專業能力的醫學工程專業人才為目標，為南台灣第一所生物醫學工程學系。因應國家政策未來趨勢及醫療器材產業發展之需求，規劃生醫電子暨醫學資訊、生醫材料暨組織工程、生物力學暨福祉科技特色領域課程，配合義大醫療財團法人之設備與臨床師資，訓練培育具有跨域整合創新能力之醫學工程專業人才，並規劃校外實習課程以提升學生就業競爭力。
本系以「因應未來醫療產業之發展需求，培育醫工專業職能之人才」為宗旨，將工程領域的專業技術能力與臨床醫學需求做更密切的結合，發揮相得益彰的宏效，以造福人群。生醫產業為知識密集且具高度創新性之高附加價值產業，本系培養之畢業生每年都有相當比率之人數前往國立大學研究所繼續升學就讀；在各大醫院醫工部門及醫療器材產業中亦能見到本系畢業校友優秀的表現，可作為本系辦學品質優良的佐證。
歡迎對生醫產業有憧憬、有熱情的妳/你加入義守大學生物醫學工程學系的大家庭！
生物醫學工程學系是唯一具有整合生物醫學科技、工程技術與臨床應用而形成之跨領域科系，其發展目的在於：
生物醫學工程系創立於民國87年，以培育具創新及專業能力的醫學工程師、臨床工程師及醫療器材研發工程師為目標，本系為南台灣第一所生物醫學工程學系，並在九十三學年度招收碩士班。99學年度隸屬學院由「電機資訊學院」改為「醫學院」。110學年度隸屬學院由「醫學院」改為「醫學科技學院」。